קיימת רשות במשרד החקלאות הממשלתית המופקדת על יבוא ויצוא של בעלי-חיים בישראל, בנוסף עוד מוצרים מן החי וחמרים ביולוגיים, וכמו כן אישורים עבור מעבר בעלי-חיים ומוצרים נלווים דרך מדינת ישראל למדינות אחרות.

תפקידה העיקרי של רשות זו הוא לפקח על אותם מעברי גבול של מדינת ישראל בכדי למנוע כניסה או יציאה של חיות ו\או כל מיני חומרים ביולוגים אחרים בכדי למנוע התפשטות של מחלה מסוכנת ברחבי המדינה או דליפה של אחת שכזו מחוצה לה.

ברשות זו פועלים כיום שמונה רופאים וטרינריים, רופא לשכה וטרינרית בחלקיות  משרה, שישה פקחים ושתי מזכירות; הצוות מפקח בשוטף.

מעברי הגבול במדינה

* שלושה נמלי ים (חיפה, אשדוד ואילת)

* נמל התעופה בן גוריון

* ארבעה מעברים יבשתיים (ניצנה, רפיח, טאבה ומעבר הערבה)

* שתי תחנות הסגר ממשלתיות (חיפה ורמלה)

* מקום הסגר מאושר לבקר וצאן

* שבע מקומות הסגר מאושרים לציפורי נוי

על שני מעברים יבשתיים נוספים – נהר הירדן וגשר אלנבי – מופקדים השירותים להגנת הצומח ולבקורת גם על נושאים שבאחריות השירותים הווטרינריים.