מסוף מטענים הוא למעשה שער הכניסה והיציאה של המטענים מן המדינה.
תפקידי המסוף הוא לשמש כתחנת מעבר של טובין בין מדינות וכחלק מהשירות של המסוף ישנם משרדי   מכס (בחלק מהמדינות). בכל מסוף ישנה מחלקה האחראית לבקרה ביטחונית עבור היבוא והיצוא של המטענים מאותה מדינה.


תהליך יבוא ב-מסוף מטענים מתחיל כאשר מטוס רגיל / נוסעים או מטען נוחת במדינת היעד ונפרק מתוכו המטען בצורות שינוע שונות כגון: פאלטים(משטח),קונטיינרים ותפזורת של מטען.
בשלב ראשון עובר המטען תהליך בטחוני כגון:שיקוף או בדיקה פיזית של המטען לצורך זיהוי של סכנות כאלו ואחרות ו\או לפי אופי המטען או על פי מדינת המוצא של המטען.
בשלב שני נלקח המטען לתחנות פיזור במסוף לפי צרכי המטען, צורך ייחודי וכמובן על פי דרישות היבואן או עמיל המכס מטעם הלקוח.

בשלב שלישי המטען מפורק לפי האריזות השונות,נשקל ומפוזר לאכסון בתחנות שונות במסוף, שוב לפי אותם דרישות יבוא. בשלב רביעי מגיע תהליך של שחרור המטען מאת היבואן עצמו או מעמיל מכס מטעמו.  שלב זה עלול להמשך יותר זמן עד להמצאת האישורים הנדרשים על ידי בעל המטען כלומר היבואן.
בתהליך מסוג זה חובה להמציא את האישורים הנדרשים לרשויות המכס בארץ על מנת שידעו מהו טיבו של המטען ואיך לקטלגו בטבלת המכס המקומית וכמובן לבוא בדרישת מס ליבואן לפי הקטגוריה בא נמצא הטובין.
לאחר תשלום המס הנדרש מבוצע תהליך של שחרור על ידי המכס מול מסוף מטענים (בדרך כלל על ידי מערכת מחשוב), בכך מתקבלת פקודת השחרור, כעת מסוף המטענים רשאי לשחרר את המטען לידי היבואן ולאחר קבלת תשלום עבור שירות תפעול המטען במסוף המטען ואכסונו כמתבקש.

תהליך היצוא במסוף המטענים מתחיל כאשר מגיע המטען על ידי היצואן או על ידי מוביל מטענים מטעמו לרמפת היצוא במתחם מסוף המטענים לצורך אכסנה וקבלה של הטובין.
בשלב ראשון מתבצע תהליך בטחוני (שיקוף לרוב) ובדיקה נוספת (פיזית) במקרים מסוימים לפי ראות עיניהם של אנשי הביטחון במסוף ולעיתים לפי מאפיינים מקובלים לקהילת הביטחון בעולם המטענים.
השלב הבא הוא אכסון המטען לפי דרישות היצואן והמתנה לטיסה\הפלגה של המטען.
בתהליך ההמתנה היצואן או חברת שילוח בינלאומי מטעמו מחויבת להציג מול רשויות המס במדינה ומול מסוף המטענים את המסמכים הנדרשים עבור שינוע המטען למדינה אחרת וכמו כן את הטפסים הנדרשים לתחילת תהליך היבוא במדינת היעד.
חשוב לזכור שמבחינת מסוף מטענים כל עוד המטען (יבוא או יצוא) נמצא ברשותם ובאחריותם הלקוח ישא בעלויות האחסנה והטיפול במטען לפי דרישות מיוחדות או לפי אכסון בתנאים רגילים.

בישראל קיימים מסופי מטען אווירי בנתב"ג וימים באשדוד,חיפה ואילת המשמשים כשערי מטען לכניסות ויציאות של סחורה מן המדינה.